Траса Північно-Кримського каналу проходить по зовнішньому краю стародавніх алювіальних терас Дніпра.  Канал прокладений, в основному, в легких грунтах. Русло каналу виконано переважно без протифільтраційного захисту, а на найбільш небезпечних ділянках виконано захист із монолітного бетону по всьому периметру (загальна довжина 15 км) та збірного залізобетону в зоні лінії хвилебою ( майже 30 км).

Канал працює в режимі сезонного заповнення в межах Херсонської області.

За багаторічними режимними спостереженнями рівневий режим ґрунтових вод в приканальній зоні залежить від режиму роботи каналу, режиму експлуатації зрошуваних ділянок та дренажних систем, розташованих в приканальній зоні,  та кількості опадів, які випали.

З метою визначення меліоративного стану дамб та приканальної зони Північно-Кримського  каналу, а також ефективності протифільтраційних заходів спеціалісти управління виконують систематичні спостереження  за рівнем ірригаційно-грунтових вод  в свердловинах  мережі.

За даними спостережень спеціалісти відділу водокористування будують графіки коливань рівнів грунтових вод, що дають можливість наглядно порівняти фільтраційні процеси на протязі року та накопичити дані багаторічних спостережень.

Крім того, здійснюються систематичні польові візуальні обстеження з метою своєчасного виявлення  ділянок каналу, які по зовнішнім признакам характеризуються  відносно слабкою стійкістю.

В межах Херсонської області вздовж Північно-Кримського каналу  обладнано 165 спостережних свердловин, з яких майже половина  на даний час не працює. Такий стан п’єзометричної мережі  не дає змоги  в повному обсязі  вести спостереження за гідрогеологічною обстановкою в приканальній зоні  каналу. Тому управлінням Північно-Кримського каналу заплановано відновлення пошкоджених зловмисниками спостережних свердловин.

Однією з найнебезпечніших ділянок каналу є район Каланчацької труби, де висота насипних дамб складає 10 – 12 метрів. На даній ділянці каналу обладнано 30 п’єзометричних свердловин. На даний час в роботі 20 свердловин, 10 пошкоджені.  В 2020 році  заплановано їх відновленння (капітальний ремонт).

В цілому гідрогеологічна обстановка в приканальній зоні Північно-Кримського каналу   характеризується як стабільно задовільна.