Для обстеження гідротехнічного комплексу та проведення ремонтних робіт у зимовий період в кінці зрошувального сезону згідно проекту експлуатації русло Північно-Кримського каналу спорожнюється. До 2014 року при спорожненні об’єм води максимально використовувався для заповнення наливних водосховищ, вода з яких використовувалась у зимовий період на забезпечення промислових та комунальних потреб споживачів АР Крим.

В останні роки русло магістрального каналу спорожнюється через аварійні скиди, розташовані на території Херсонської області. Згідно одержаного у 2014 році Дозволу на спеціальне водокористування залишкові об’єми води відводяться через аварійний скид №1 у водний об’єкт - річку Каланчак.

Аварійний скид №1 розташований на ПК712+38. Довжина скидного каналу, прокладеного в земляному руслі до впадіння в річку Каланчак, становить майже 6 км. Спорожнення проводиться обмеженою витратою 3-4 м3/с (проектна витрата споруди 87,4 м3/с) та супроводжується щоденним обстеженням тракту скиду та пойми річки, екологічний стан якої при технологічному скиді значно поліпшується.

На даний час, хоча поливний сезон іще у розпалі, спеціалісти управління розпочали підготовку документації для продовження дії спеціального водокористування. та розрахунку гранично допустимих скидів забруднюючих речовин ( ГДС).