Одним із головних розділів експлуатаційних робіт згідно Проекту експлуатації Північно-Кримського каналу» є організація та ведення обліку води.

Методи обліку води на системах застосовуються в залежності від режиму роботи каналу. На Північно-Кримському каналі він здійснюється гідравлічним методом, при якому використовуються спостереження на водомірних постах та тарувальні таблиці гідротехнічних споруд. Для контролю витрат, для коригування тарувальних таблиць застосовується русловий метод з використанням гідрометричних млинків. Водомірні пости кожної гідроспоруди обладнані водомірними рейками з відповідними геодезичними прив’язками, які необхідно постійно контролювати. У грудні, наприкінці періоду спорожнення русла каналу, спеціалістами відділу водокористування та першого відділення каналу проведені роботи по нівелюванню геодезичної прив'язки гідрометричного створу в нижньому б'єфі Головної споруди, промірні роботи з уточнення параметрів поперечного перерізу русла магістрального каналу в створі. Дані вимірів будуть використані для обліку витрат води в наступному сезоні. Під час обстеження аварійних скидів проведена контрольна геодезична зйомка з прив’язкою до рівнів води.